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Pour certains, les Ginkgos constituent un ordre végétal, celui des Ginkgoales ( Engler,1898 ) et s’intègre dans les Cordaitophytes, plantes fossiles entièrement disparues au Permien supérieur et dont le Ginkgo biloba  ne serait qu’un vestige. Pour d’autres, ils constituent un embranchement, celui des Ginkyophytes. Le caractère cilié des gamètes mâles est commun à la plupart des Algues vertes et aux Mousses, mais il disparaît évolutivement au niveau des Spermaphytes.

Les appareils reproducteurs femelles ont également des caractères très archaïques. Le gamétophyte femelle est chlorophyllien, comme chez les Mousses et les Ptéridophytes (où il est autotrophe); il est entouré d’une épaisse membrane mégasporale, comme chez les Ptéridophytes; il se charge de réserves nutritives, et le tégument ovulaire durcit avant  la fécondation, à la différence de ce qui se produit chez les graines véritables des Spermaphytes. Ces dispositions font que la fécondation et le développement peuvent se réaliser dans des ovules séparés de la plante mère, comme c’était vraisemblablement le cas chez les Cordaites , les Ptéridospermées et les Cycadophytes. C’est pourquoi on a créé la division des Préphanérogames, ou mieux des Préspermaphytes, pour ranger à côté des Ginkgos l’ensemble de ces plantes.

Classification  dans le règne végétal

Classement

Place du ginkgo

    1.Embranchement Préspermatophytes
     2. Classe

Cordaïtes

     3. Ordre

Ginkgoales

     4. Famille

Ginkgoacées

     5. Genre

Ginkgo

     6. Espèce

Ginkgo biloba L.

     7. Variété

Ginkgo biloba divers ( longifolia, laciniata, aurea...)

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